Depuis les travaux de Pasteur, le monde des micro-organismes a été largement exploré, exploité, et peu à peu maîtrisé. Pour transformer le lait en caillé, pour donner au beurre ses arômes, au fromage sa croûte, sa couleur, sa texture et sa saveur, on a recours à des populations microscopiques. L'homme sait les faire travailler et cohabiter ensemble.
Ajout de présure dans une cuve de lait destiné à la fabrication d'emmental
Les ferments de la nature
Les transformations du lait en produits laitiers ont toujours fait appel aux techniques du vivant. Autrefois, le fromager utilisait de façon empirique des micro-organismes naturellement présents dans son environnement. La traite à la main, les matériels en bois et les caves les apportaient au lait.
Les ferments industriels
Aujourd'hui, les transformateurs laitiers utilisent des ferments sélectionnés aux propriétés parfaitement connues. Ils peuvent ainsi maîtriser la qualité et la régularité de leurs fabrications. Les fabricants de ferments cultivent dans des fermenteurs des populations de souches pures pour se constituer une "souchothèque". Les souches sont ensuite extraites du milieu de culture, concentrées puis lyophilisées.
Le travailleur vivant
En utilisant le sucre du lait (lactose) pour se nourrir, les bactéries lactiques acidifient peu à peu le milieu, ce qui provoque la coagulation du lait : les protéines s'agglomèrent pour former le caillé.
Les bactéries lactiques
Elles travaillent aussi à la transformation du caillé en fromage au cours de l'affinage. Les principales bactéries sont les lactobacilles, les lactocoques et les streptocoques.
Le levures
En utilisant l'acide lactique, les levures désacidifient le caillé. Elle préparent ainsi un "terrain" plus favorable au développement d'autres micro-organismes au cours de l'affinage. Pour certains fromages, elles contribuent à la formation de la croûte et à la production d'arômes.
Les moisissures
Elles sont essentielles dans l'affinage de nombreux fromages. Elles forment la croûte et le feutrage de certains fromages à pâte molle et à pâte pressée non cuite. Elles donnent aussi les veinures bleues caractéristiques des fromages à pâte persillée.