De l’ADN isolé dans la masse

«Un kilogramme de sol contient 1013 – c’est-à-dire plus d’un million de millions – de micro-organismes », signalent Philippe Vandenkoornhuyse et Alexis Dufresne, chercheurs dans le département Ecobio du Caren(1). Alors évidemment il n’est pas question de les isoler un par un pour en séquencer le génome. « Cela n’aurait d’ailleurs pas beaucoup d’intérêt. Ce qui nous intéresse chez les microorganismes, c’est leur fonction biologique. » D’où l’idée d’étudier les métagénomes, c’est-à-dire les gènes présents dans un milieu, sans s’occuper, au moins dans un premier temps, de savoir à qui ils appartiennent. D’autant que l’ADN est plus accessible que les microorganismes eux-mêmes : 95% d’entre eux ne peuvent pas être isolés car on ne sait pas les cultiver ! Alors que les protocoles pour extraire l’ADN sont bien éprouvés.

Des espèces jamais décrites

« Cela fait près de deux ans que nous avons développé l’approche des métagénomes. Nous l’utilisons, par exemple, pour étudier la dépollution des nappes phréatiques par des communautés de microorganismes qui vivent à l’interface entre l’eau de la nappe et le sol. » Cette communauté est composée d’une vingtaine d’espèces, dont certaines n’ont jamais été décrites. Les travaux de thèse de Nolwenn Bougon ont montré que ces organismes sont capables d’assimiler les nitrates lorsqu’une source de carbone organique simple est ajoutée.
Ces recherches nécessitent de pouvoir faire du séquençage de masse, ce que permettra le pyroséquenceur qui vient d’arriver au Caren.

« Il suffit de quelques semaines ! »

« Avec les séquenceurs capillaires traditionnellement utilisés, l’obtention des séquences des différents échantillons représente le travail de la moitié d’une thèse. Avec ce pyroséquenceur, il suffit de quelques semaines ! Et tout le reste de la thèse peut être consacré à l’analyse des données. De plus, grâce au séquençage, de l’ADN, nous découvrons de nombreux nouveaux microorganismes. » On comprend donc l’impatience de l’équipe à utiliser ce nouveau matériel.