Aucune trace trouvée en mer

Le projet européen “Observatoire polyvalent des maladies infectieuses émergentes” devait démarrer en juin¹. Il a été enclenché plus tôt. « En raison de la pandémie, l’Europe nous a demandé en avril d’activer un travail d’analyse des séquences virales de Sars-CoV-2 éventuellement présentes dans les eaux usées », explique Soizick Le Guyader, responsable du Laboratoire santé environnement et microbiologie de l’Ifremer à Nantes. Le LSEM est partie prenante avec l’Institut Pasteur dans le projet européen.      « Notre mission est de définir des clefs pour disposer d’éléments d’alerte. Cela nous permet d’être réactifs et de donner l’alarme, avant qu’une grande partie de la population ne soit éventuellement atteinte.»

À Paris, dans les eaux usées

En février, deux études chinoises indiquaient que des traces de coronavirus ont été trouvées dans les selles de malades. « Cela a été confirmé depuis en Europe sur des patients hospitalisés²», précise Soizick Le Guyader. En avril, d’infimes traces de Sars-Cov-2 étaient découvertes par PCR³ dans le réseau d’eau traitée, non potable, de la ville de Paris. Aux Pays-Bas, des microbiologistes ont trouvé des traces de virus dans les eaux usées de la ville d’Amersfoort.

« Ce ne sont pas des virus infectieux avec leur enveloppe qui ont été détectés, mais leur génome, c’est-à-dire leur ARN. Précisons que le réseau d’eau traitée et usée d’une ville sert à nettoyer les rues ou arroser la végétation. Il est indépendant de son réseau d’eau potable. »

Des nombreux virus sont déjà pistés dans les eaux usées. Par exemple les norovirus, responsables des gastroentérites. Mais quid du coronavirus ? Comme il s’agit d’un virus du système respiratoire, il est peu présent dans le système intestinal⁴. En outre, son enveloppe doit rester intacte pour qu'il soit infectieux. Pour l’instant, aucun laboratoire n’a démontré la présence de virus Sars-CoV-2 infectieux dans les eaux usées en Bretagne et Pays de Loire. Mais la détection de son génome, notamment à Paris, amène une autre question. Ces “carcasses” de coronavirus pourraient-elles atteindre la mer en s’échappant par les fuites des réseaux d’eaux usées, ou en traversant les stations d’épurations ?

Recherche du génome viral en mer

Pour le savoir, l’Ifremer se charge de surveiller l’eau en amont de stations d’épuration, mais aussi en aval. « Nous recherchons ces génomes en mer, dans des zones déjà identifiées où vivent des coquillages sauvages touchés par la pollution humaine », poursuit Soizick Le Guyader. Un coquillage filtre un grand nombre de litres d’eau par jour et concentre dans son organisme les particules virales présentes dans la mer. C’est un filtre performant, qui fait gagner du temps aux chercheurs. « Les résultats de nos premières analyses moléculaires sont négatifs : aucune trace du Sars-CoV-2 n’a été détectée dans les échantillons d’eau de mer et de mollusques analysés⁵. Si nous en trouvons, nous nous poserons alors d’autres questions. » Dès la fin du confinement, des masques souillés ont été retrouvés abandonnés en ville et dans la nature. S’interdire ces gestes ralentira l'arrivée possible du coronavirus en mer...