Supercalculateur à disposition

En décembre dernier, Anthony Assi, membre de la plate-forme bio-informatique de Ouest-Génopole, s’est rendu jusqu’en Inde pour présenter l’outil de calcul qu’il met à la disposition des chercheurs à l’Irisa. S’il a été invité à la conférence e-Science 2007, c’est dans le cadre de sa collaboration à un projet européen (ACGT) portant sur la transcription de l’ADN des tumeurs dans le cancer du sein.

Son rôle : mettre à disposition une infrastructure informatique et une puissance de calcul pour accélérer le traitement des données génomiques. Plusieurs centres européens collaborent sur le projet jusqu’en 2010. Ainsi, d’autres outils de calculs, en Pologne et en Espagne, tournent en parallèle de l’outil rennais. « Il faut les combiner pour résoudre plus rapidement les algorithmes », explique l’ingénieur système.

À l’instar de ce projet, la plate-forme bio-informatique de Ouest-Génopole a vocation à servir la communauté scientifique. À l’Irisa, plus de 40 machines superperformantes (processeurs de type 64 bits avec stockage dédié de plus de 16 téra-octets) sont connectées entre elles. « Plutôt que de faire tourner les algorithmes sur leurs machines de bureaux, nous proposons aux chercheurs d’utiliser les nôtres. Un calcul qui leur demanderait 35 heures en prend moins de six chez nous », commente Anthony Assi.