Plein de séquençage à l’Ouest

Homme, bactéries, algues, planctons, oursins, escargots, moules, champignons, poissons, pucerons, pommiers, rosiers, et même chauve-souris et gorilles...

À l’Ouest, les demandes de séquençage et génotypage concernent des espèces très diverses.
« Au lancement de Ouest-genopole(1), il y avait deux sites : Roscoff pour le séquençage des gènes et Le Rheu pour le génotypage, c’est-à-dire l’identification de leurs variations, rappelle Erwan Corre, responsable scientifique du site roscovite. Il y a trois ans, le plateau technique de séquençage de Nantes nous a rejoints offrant ainsi un guichet ligérien au dispositif. » Et depuis cette année, la plate-forme accueille également un séquenceur haut débit installé au Caren, à l’Université de Rennes1. Chaque année, près de 150projets, dont 50% de nouveaux, sont traités sur les trois sites. « Il y a bien sûr des travaux des instituts qui hébergent les plateaux techniques, mais aussi des projets extérieurs, c’est une obligation. Ainsi à Roscoff, nous avons accueilli des projets de l’Inra d’Angers et du Rheu, de la station biologique de Paimpont, de l’Ifremer, du Cemagref. »

Pas le génome en entier

Jusqu’ici, les séquenceurs de la plate-forme n’avaient pas vocation à décoder des génomes entiers. « Le séquençage de certains organismes, comme les algues Ectocarpus vesiculosus ou Chrondrus crispus, a été commencé ici, puis réalisé en entier au Génoscope d’Évry. Cela permet aux scientifiques de recueillir une première série de données sur le code génétique de ces espèces. Et de montrer que ça vaut le coup d’aller plus loin dans le séquençage. »
La plate-forme est toujours en évolution tout comme les techniques de biologie moléculaire. Prochaines étapes : créer un guichet unique pour les quatre sites. « À nous ensuite d’orienter les projets, de les dispatcher en fonction des délais d’attentes et des savoir-faire » ; uniformiser les protocoles et rendre les sites plus polyvalents pour proposer du séquençage et du génotypage partout ; enfin, poursuivre la mise en place de la démarche qualité.
Quant au tout nouveau séquenceur haut débit, les équipes du Caren vont d’abord le faire fonctionner sur leurs propres travaux, avant de l’ouvrir aux équipes extérieures. Cela devrait être possible courant 2009.