De la vie très loin sous l’océan

Du bassin de Marennes Oléron à la dorsale médio-atlantique, en passant par la Nouvelle-Calédonie, Erwan Roussel poursuivait le même objectif : remonter des profondeurs océaniques des microorganismes nouveaux et délimiter les frontières de la vie dans les océans. « J’ai ciblé mes travaux sur les archées(1) du plancher océanique, qui se trouvent dans les sédiments quand on est près des côtes ou en pleine mer, ou alors dans les fluides émis par les cheminées hydrothermales, au niveau de la dorsale. »

Un forage de 1600 m

Les moyens mis en œuvre sont plus ou moins importants selon les zones d’études : d’une journée en mer le long des côtes pour rapporter des carottes de 3 m de profondeur, à plusieurs semaines d’expédition avec des bateaux foreurs. « Nous avons aussi eu l’opportunité de récupérer des échantillons prélevés lors de forages profonds à 1600 mètres sous la surface des sédiments du fond de l’océan, dans le cadre d’un projet international(2). Au début, au laboratoire, on était assez sceptique sur la possibilité de pouvoir détecter de la vie à une telle profondeur. Mais c’est arrivé ! » Erwan Roussel a lui-même participé à trois campagnes océanographiques, dont une sur la dorsale atlantique. Cinq semaines en mer, avec les moyens les plus sophistiqués : les submersibles le Victor 6000 et le Nautile opérés par le navire d’Ifremer Pourquoi pas ?.

Erwan Roussel a travaillé sur des prélèvements de cheminées hydrothermales effectués comme ici par le bras du Victor 6000.
© Ifremer 

Une centaine d’échantillons

La deuxième partie du travail se passe au laboratoire. L’ADN des échantillons est purifié, amplifié, séquencé, puis comparé aux séquences des bases de données existantes. Au total, pour sa thèse réalisée à l’Institut universitaire européen de la mer (IUEM) et à l’Ifremer, à Brest, le doctorant a travaillé sur une centaine d’échantillons, dont il a réussi à extraire une trentaine de groupes (phylotypes) d’archées différents. Parmi eux, trois petits nouveaux prélevés en environnement côtier !

Ces archées qui vivent dans des conditions extrêmes de températures, pressions, dans des milieux riches en méthane et métaux lourds sont intéressantes pour la compréhension du fonctionnement des écosystèmes. De plus, l’étude de certaines protéines de ces archées, parfois génétiquement plus proches de l’homme que les bactéries, pourrait donc déboucher sur des applications intéressantes en biotechnologies.