4 000 bactéries à -80°C: un trésor alimentaire !

Les énormes congélateurs (10 000€ chacun) sont ultrasécurisés : entrée contrôlée, pièce climatisée, groupes électrogènes de secours. Car ils contiennent des trésors. Ils se trouvent à l’Inra - Agrocampus Ouest, à Rennes au Centre de ressources biologiques (CRB).

« Si la température remonte à -60°C, une alarme se déclenche », explique Florence Valence-Bertel. Ingénieur, elle a été recrutée en 2006 pour gérer le CRB et sa collection : des souches de bactéries d’intérêt alimentaire (BIA). Le CRB-BIA est un des cinq centres du Cirm, le Centre international de ressources microbiennes géré par l’Inra. Le Cirm est le cocoordinateur avec l’Institut Pasteur du Consortium européen de ressources microbiennes EMbaRC.

Dans le pain, le saucisson, la bière

« Les gens ne mesurent pas l’importance de ces microorganismes dans leur régime alimentaire, estime Florence. Pourtant, les aliments fermentés par ces microorganismes interviennent dans 30% de notre ration quotidienne. On en trouve dans le pain, les produits laitiers, le saucisson, le saumon fumé, la bière... » Or, la biodiversité des microorganismes d’intérêt alimentaire s’est appauvrie ces dernières années. « Aujourd’hui, il est de plus en plus difficile de faire un fromage au lait cru sans apporter des ferments supplémentaires dans le lait. » L’hygiène du troupeau et de l’exploitation, l’évolution des pratiques ont éliminé de nombreuses bactéries pathogènes mais aussi des bactéries utiles. D’où la valeur de la collection du CRB.

4 000 souches de bactéries

Pour conserver près de 4 000 souches de bactéries, le CRB a choisi la cryoconservation à -80°C et la lyophilisation. L’avantage de la lyophilisation, c’est qu’elle est très bien supportée par les bactéries et qu’elle permet une très longue conservation. « Nous avons pu faire repousser une souche lyophilisée en 1961 ! » L’inconvénient, c’est le coût et la durée de l’opération. « Avec notre équipement, il nous faut une semaine pour lyophiliser dix souches. »

La cryoconservation, elle, peut se faire à différentes températures : -80°C, -196°C (azote liquide). Plus la température est basse et l’échantillon refroidi rapidement, meilleure est la conservation. « Pour les bactéries, nous avons choisi la congélation à -80°C. » Chaque millilitre d’échantillon contient en moyenne 1000 milliards de bactéries (10⁹). « La viabilité des bactéries est un peu moins bonne qu’avec la cryoconservation à -196°C, mais même si seulement 1% d’entre elles survivaient, cela resterait très largement suffisant pour relancer des cultures. »

Préserver la biodiversité

La cryoconservation oblige à vérifier régulièrement la viabilité des bactéries. « Nous avons plusieurs lots de chaque souche. Le lot mère est celui auquel on touche en dernier ressort. De ce lot mère nous avons fait deux lots, un primaire et un secondaire. A chaque lot son congélateur. C’est dans le lot secondaire que nous puisons d’abord pour les contrôles et pour répondre aux demandes des scientifiques et des industriels de l’agroalimentaire. »

Une souche est vendue entre 60 et 100€, loin des 600€ qu’elle coûte réellement. Mais pour Florence, le but des CRB est avant tout de préserver la biodiversité pour les générations futures. Florence et ses collègues effectuent des campagnes de collecte dans les exploitations agricoles partout dans le monde pour accroître la collection. « Nous l’enrichissons de 100 à 300 souches nouvelles chaque année. »