Des champignons bien classés

Cet outil n’est pas destiné aux cueilleursde champignons. Il s’adresse plutôt aux chercheurs qui travaillent sur la phylogénie, et s’appuient sur des fragments de séquences génétiques pour les classer. Car des champignons, il en existe des milliers d’espèces, dont certaines ne sont pas visibles à l’œil nu, et beaucoup sont inconnues. Les séquences d’ADN sont déposées, répertoriées, stockées par les scientifiques et rendues librement accessibles dans des banques de données mondiales (GenBank, par exemple). « Mais le problème est que ces banques ne sont pas toujours fiables et comportent des erreurs », explique Philippe Vandenkoornhuyse, chercheur au laboratoire Écobio(1) à l’Université de Rennes 1. Des erreurs de séquençage, ou bien d’interprétation.

Des séquences par milliers !

« C’est pourquoi nous avons eu l’idée et le besoin de créer une base de données experte qui soit la plus propre possible. Pour cela, nous avons commencé par nous concentrer sur deux gènes seulement, que l’on retrouve chez tous les champignons sans exception et qui sont connus pour donner de bonnes informations phylogénétiques. Nous avons été les récupérer dans les bases de données mondiales existantes », poursuit le chercheur. Ce qui représentait déjà des dizaines de milliers de séquences dans leur panier ! Un premier filtre automatique a permis d’enlever toutes les séquences trop courtes, incomplètes, ou encore les chimères, créées artificiellement à partir de deux séquences distinctes.

Explorer la biodiversité

Le deuxième nettoyage a été manuel. Il avait pour objectif d’enlever les séquences mal annotées, c’est-à-dire génétiquement correctes, sans erreurs, mais mal classées. « Cette tâche était très importante. Elle a occupé Stéphane Mahé, doctorante au laboratoire, pendant près d’une année. À notre grande surprise, cela a éliminé encore 20 % des séquences filtrées. » Au final, environ 10 000 séquences non redondantes composent Phymyco-DB. « Elle nous permet d’aller explorer la biodiversité inconnue des champignons et d’élaborer petit à petit leur arbre phylogénétique. »

Pour la construction et la création de l’interface de la base de données, les chercheurs d’Écobio se sont associés aux bio-informaticiens de la plate-forme GenOuest, basée à l’Université de Rennes 1(2). Ces travaux ont été publiés en septembre dernier(3) et Phymyco-DB est d’ores et déjà accessible en ligne. « Nous avons pour ambition de l’enrichir avec d’autres gènes. Au-delà de l’approche évolutive, Phymyco-DB pourrait servir à faire de l’identification, mais aussi de l’analyse environnementale, pour étudier, par exemple, la réaction d’une communauté de champignons face à un changement donné : modification de température ou de l’écosystème, pollution... » Mais en forêt, gardez toujours l’œil pour savoir s’ils sont comestibles ou non !