Une plongée dans les virus de la Seine

Alisa Langlais, doctorante en microbiologie environnementale à l’unité Ecobio de l’Université de Rennes, réalise depuis 2023 un grand inventaire des virus de la Seine, dans le cadre de sa thèse en partenariat avec le Siaap¹ et dirigée par Achim Quaiser, maître de conférences. Elle prélève l’eau du fleuve, à l’entrée et à la sortie de stations d’épuration. « Après filtration, je réalise l’extraction de l’ADN et de l’ARN des virus, que je prépare pour le séquençage », explique-t-elle.
Les génomes ARN ou ADN sont fragmentés en de multiples morceaux, qui peuvent être déchiffrés avec précision par un séquenceur nouvelle génération². « Le problème, c’est que toutes les séquences des différents virus se mélangent, poursuit-elle. Ensuite, il faut les réassembler : c’est comme un puzzle. » Un immense puzzle bioinformatique, dont la résolution nécessite une importante capacité de calcul. « Depuis mon ordinateur, je fais tourner mes analyses à distance sur de puissants serveurs », précise-t-elle.

Modéliser le parcours des virus

Grâce à cette technique innovante, Alisa Langlais ouvre une porte sur l’univers nanoscopique de la Seine. « Ce qu’on trouve en majorité dans les écosystèmes aquatiques, ce sont des virus qui infectent des bactéries : les bactériophages », indique-t-elle. Les virus pathogènes pour l’humain ne représentent qu’une infime part. La doctorante examine aussi l’impact de l’agglomération parisienne sur la biodiversité virale. « Elle peut être affectée par les changements des communautés bactériennes, car les populations de virus dépendent de leurs hôtes », observe Céline Roose-Amsaleg, co-encadrante de la thèse, ingénieure de recherche CNRS en microbiologie environnementale. Grâce à un travail de modélisation, Alisa Langlais étudie la dynamique des virus : « Avec des collègues de l’Irmar³, nous essayons de modéliser ce que devient un virus dans la Seine, comment il se déplace, sédimente ou se dégrade. » Ce modèle pourrait ensuite être transposé à d’autres fleuves.