«Je cherche de nouvelles méthodes pour analyser des données biologiques »

Je cherche à mettre au point de nouvelles méthodes pour analyser les données des biologistes. Je m’intéresse plus spécifiquement aux données génomiques, celles qui mesurent l’expression des gènes, par exemple. Aujourd’hui les scientifiques peuvent avoir accès à des données sur des dizaines de milliers de gènes et ce pour des dizaines de patients. Ces gènes interviennent souvent à plusieurs dans les mécanismes biologiques. Il faut donc les étudier conjointement, ce qui est possible grâce à l’analyse multidimensionnelle, une méthode statistique.

Le problème, c’est qu’en raison du très grand nombre de gènes observés par rapport au petit nombre de patients, des artefacts mathématiques apparaissent : certains gènes semblent liés, alors que cela ne correspond à aucune réalité biologique. Je cherche donc à démêler les “vraies liaisons” de celles créées par l’analyse statistique. J’ai mis au point une première méthode basée sur l’utilisation d’une ontologie des gènes. C’est une synthèse des informations disponibles. Elle répertorie, par exemple, toutes les interactions déjà rencontrées dans des expériences. Les liens que je retrouve dans mes données - par un traitement statistique - ont donc plus de chance de correspondre à une véritable interaction biologique. Et je travaille actuellement sur une seconde méthode, sans apport d’information extérieure cette fois. À la fin de ma thèse, j’aimerais appliquer ces travaux dans les laboratoires de génomique, afin d’aider les biologistes à traiter le plus efficacement possible leurs données.