Microbiote : l’épopée ne fait que commencer

À l’image d’un écosystème parfaitement équilibré, nous hébergeons des bactéries qui, par leur nature et leur abondance, sont essentielles pour notre santé. Cette folle histoire fragile et durable que nous partageons avec les microbes commence dès la naissance. Depuis le ventre de sa maman jusqu’à l’air ambiant, le nourrisson change brutalement d’environnement. Dans ce même laps de temps, lors de l’accouchement par voie basse, il est confronté à une multitude de bactéries présentes dans la muqueuse vaginale de sa mère.
« Ce contact est fondateur car c’est à ce moment-là que l’enfant est colonisé par les premières bactéries qui formeront, entre autres, son microbiote¹ intestinal », assure Geneviève Héry-Arnaud², microbiologiste médicale au CHRU³ de Brest. La rencontre entre la flore bactérienne de la maman et le nouveau-né conditionne le développement du système immunitaire de celui-ci et la bonne santé de l’adulte qu’il deviendra. À l’inverse,  un enfant né par césarienne est privé de cette interaction primordiale. « Ce mode d’accouchement sauve évidemment des vies, mais confisque au nourrisson les bonnes bactéries maternelles, comme les Lactobacillus vaginaux et les Bacteroides du microbiote intestinal de la
mère », pointe la chercheuse.

Biogéographie des bactéries

Si la genèse des microbiotes dépend étroitement du mode d’accouchement, elle est aussi intimement liée à l’allaitement. La progestérone, une hormone particulièrement présente chez la femme enceinte, augmente le taux de bonnes bactéries dans le lait maternel. L’allaitement au sein offre ainsi des pro et prébiotiques⁴ naturels qui protègent le nourrisson jusqu’à l’âge adulte contre des pathologies, telles que l’obésité ou les allergies. « C’est un formidable legs microbien ! »
Au cours des premières années de vie, différentes espèces bactériennes colonisent spécifiquement chaque partie du corps afin de former les divers microbiotes que nous connaissons : la flore vaginale, cutanée, intestinale, pulmonaire… « Vous avez par exemple dans votre oreille Staphylococcus auricularis et probablement Staphylococcus capitis sur votre tête » , explique la microbiologiste. Il existe alors une réelle biogéographie bactérienne. C’est ce fragile et fantastique agencement qui permet à l’être humain de vivre en harmonie avec les bactéries qui le peuplent.
L’omniprésence des microbes chez l’humain n’est plus à prouver puisqu’ils sont même retrouvés dans l’urine ! Celle-ci a longtemps été considérée comme stérile chez les sujets sains. Ce n’est que récemment que la communauté scientifique a découvert qu’il existe bel et bien un microbiote urinaire. Aussi appelé urobiome, son exploration devrait donner des pistes aux microbiologistes pour améliorer la compréhension des troubles urinaires chroniques. Plus étonnant encore, l’urobiome présente un dimorphisme sexuel, c’est-à-dire que sa composition en bactéries est quantitativement et qualitativement différente chez la femme et l’homme. « C’est aussi le cas pour les autres microbiotes. Ces derniers se distinguent selon le sexe, mais varient aussi d’un individu à l’autre…» Et constituent ainsi des sortes “d’empreintes digitales” bactériennes.

10 millions de gènes

Tous ces microbiotes communiquent perpétuellement entre eux et avec le reste du corps grâce aux métabolites produits par les bactéries qui les composent. La perturbation de l’un affecte l’autre. Plus particulièrement, l’altération de la flore intestinale entraîne des répercussions sur les bactéries retrouvées sur la peau, dans la bouche ou les poumons. « Le microbiote intestinal possède une charge bactérienne⁵ incroyable !
Il retentit  sur tout l’organisme car à lui seul il représente plus de 10 millions de gènes, soit bien plus que le patrimoine génétique humain⁶, argue le professeur Héry-Arnaud. Et qui dit gènes, dit expression génétique. Ainsi, le microbiote intestinal constitue une vraie usine à production chimique qui crée des métabolites agissant sur l’inflammation, les humeurs et les défenses immunitaires. »
Pléthore d’études mettent en lumière des corrélations entre la modification de la flore intestinale et les maladies neurodégénératives ou les troubles mentaux, tels que la dépression et la schizophrénie. Tant de découvertes étonnantes qui amènent les scientifiques à qualifier aujourd’hui le ventre de deuxième cerveau.

Perte de diversité microbienne

Récemment, plusieurs équipes de chercheurs ont identifié fréquemment une altération du microbiote respiratoire et intestinal chez les sujets touchés par des formes graves de Covid-19. Simple corrélation ou réelle causalité ? L’avancée des études dans ce domaine le révélera sûrement un jour. « De manière générale, dès que nous étudions les microbiotes sous le prisme des maladies, nous identifions des corrélations. De là à dire que les microbes expliquent tout ? Non. L’étude des bactéries en santé est plutôt récente mais elle peut apporter beaucoup de réponses », assure la spécialiste du microbiote pulmonaire.
Une chose est certaine, les microbiotes souffrent de nos habitudes. Par exemple, la prise répétée et non justifiée d’antibiotiques peut marquer à vie les bactéries qui peuplent l’intestin. L’homogénéisation de l’alimentation, avec la venue du western diet, le fameux menu frites-soda, pauvre en fibres⁷ et riche en graisse, engendre une perte de diversité microbienne. À tel point que plusieurs biologistes suggèrent d’intégrer le patrimoine bactérien dans la loi pour la biodiversité. 
En quelques dizaines d’années, un véritable changement de paradigme s’est effectué. Autrefois perçues systématiquement comme source de maladies, les bactéries deviennent aujourd’hui les alliées de notre santé. Émerge alors une nouvelle approche du vivant, celle où l’humain est considéré comme un écosystème, un être hybride. Ainsi, tel un écologue, il faudrait dorloter les
30 000 milliards de bactéries qui nous peuplent et qui participent à notre fonctionnement. Ne serait-ce pas ça, le secret pour bien vieillir ?